I januar 1944 kører en tysk terrorenhed ind på gårdspladsen ved præstegården i Vedersø. I dagene inden har venner og bekendte forsøgt at advare Munk, men han nægter at flygte. Kort efter findes han smidt i en grøft nær Silkeborg. Kaj Munk er blevet henrettet med tre skud i tindingen. Martyren Munk er fortællingen om en gudsfrygtigedigterpræst og dramatiker, hvis kompromisløshed gør ham til en af de mest kontroversielle og omdiskuteredepersoner fra 2. verdenskrig. Men det er også historien omen legesyg mand, der river en dag ud af kalenderen for at kælke med sine fem børn, som kører bil uden førerbevis og går på jagt uden jagttegn. Og så er det beretningen omen mand, der modigt insisterer på, at kærligheden og mennesket kommer før alt andet.