Det er foråret 1999, og NATO bomber Jugoslavien, da det umulige sker: Et af de usårlige bobmefly bliver skudt ned. Nogen må have lækket oplysninger. 

Teddy, en midaldrende universitetslektor, er i Bratislava, da han opsøges af en østeuropæisk kvinde, der viser sig at være hans halvsøster. Deres fælles far var en dansk SS-officer, som blev erklæret død i 1952, men som i virkeligheden har levet i Jugoslavien i mange år. 

Samtidig i København arresteres Teddys danske storesøster for at være Stasi-agent, og et mord får Teddy – og PET – til at begynde at undersøge sammenhængen mellem de to kvinder – De gode søstre. Det er en sammenhæng, der viser sig at have vidtstrækkende personlige og politiske konsekvenser.