Roseanne McNulty nærmer sig de 100 år og er stadig på det psykiatriske hospital i Roscommon, hvor hun blev indlagt som ung. Nu nærmer tiden sig, hvor hospitalet må lukke og Roseannes læge, Dr. Grene, har ansvaret for at fortælle det til sin patient. Gennem sine samtaler med hende lærer Dr. Greene mere og mere om Roseanne, og det liv hun har tilbagelagt.

I sin hemmelige dagbog har Roseanne samlet sit livs tragedier og passioner. Dagbogen bærer på minder fra Roseannes opvækst på landet i 1930’ernes Irland, hvor borgerkrigen og en turbulent familieskæbne præger hendes barndom. Roseanne har også skrevet om den tid, da hun gifter sig med Tom McNulty og tror, at hun har fundet kærlighed og tryghed – og hvordan en frygtelig misforståelse, der bunder i fordomme og svig, truer hendes spinkle lykke og ændrer hendes liv for altid.

Det hemmelige skrift er en roman om, hvordan menneskelig ondskab, uvidenhed og fejhed men også godhed og kærlighed kan forme en skæbne.