Gennem natten er en barsk og eksistentialistisk rejse ind i den norske familiefar Karl Meyers mørke indre. Efter sønnens selvmord forlader Karl sin kone og datter og flakker rundt i forsøget på at finde en måde at lukke såret efter sin søns død. Men det, Karl søger, eksisterer kun i hans eget indre, og ikke alle sår kan læges.