Da Thor starter på Københavns Universitet, finder han ud af at han tilhører en hemmelig kreds af magikere, en naturlig elite. Det udfordrer hans forestillinger og åbner for foruroligende mysterier, blandt andet farens død. På Det Magiske Akademi møder Thor også den højt intelligente og nysgerrige Janus der har levet med magien hele sit liv. Janus er ivrig efter at tilegne sig ny viden – især om den forbudte ‘atra’, magi der kan påvirke menneskers sind. Københavns skygger er en blanding af studenterliv og farverig fantasy hvor politisk idealisme og kollegiedrama går hånd i hånd med formularer og ældgamle mysterier i byens dybeste skygger.