Japan i det 17. århundrede: Teenageren Takahiro er kriger i en lille landsby. Men da han en dag vælger at gå i kamp mod et farligt udyr, får det fatale konsekvenser. Den unge mand bliver udstødt fra sin klan, og han bliver dermed sluppet løs i en verden, som han intet kender til. Hér falder hans interesse mod et funklende bjerg i horisonten, hvilket skal vise sig at blive starten på en begivenhedsrig rejse, som fører Takahiro ud på en farefuld færd, hvor han lærer både sit land og sig selv at kende, inden han til sidst står over for dét, som han i hele sit liv har gået og manglet.

I Takahiro og Sjælelighedens Bjerg forenes øst med vest, når europæisk erkendelsesteori og eksistentialisme føres sammen med den japanske åndelighed og naturtilgang og skildrer identitetsdannelse på en helt ny måde – i et univers, hvor symbolikken optræder i den opløste grænse mellem realisme og fiktion.